Zunächst einmal möchte ich Ihnen kurz erklären, wie aktuell die AD-Erfassung funktioniert: 
Sie können in einer Scan-Definition angeben, dass entweder das komplette AD oder nur bestimmte Teile (OUs) erfasst werden. Die gesammelten Daten werden dann in die Datenbank eingetragen und dabei bestehende Datensätze upgedatet. Was dabei jedoch nicht passieren kann ist das Löschen von nicht mehr existenten AD-Konten, da wir nicht sicher wissen können, ob Sie das gesamte AD oder nur einen Teil erfasst haben.

Zum Entfernen von nicht mehr existenten AD-Konten gibt es aktuell keinen Mechanismus, Sie haben aber die Möglichkeit alle AD-Daten (oder die von bestimmten Domains) zu entfernen und danach neu zu erfassen. Dann haben Sie wirklich nur noch die Konten im LOGINventory, die zum Zeitpunkt der Erfassung auch im AD gefunden wurden. Diese AD-Bereinigung ist hier erklärt: https://www.loginventory.info/documentation/9/de/einstellungen/#datenschutz

Seit Version 9 lässt sich die Bereinigung der Active Directory Daten auch automatisiert starten.